La coalition anti-bourguignonne
Une coalition anti-bourguignonne se créa. Les Confédérés, avant même d'avoir ratifié un traité d'alliance avec Louis XI, déclarèrent la guerre au duc de Bourgogne en octobre 1474.La duchesse Yolande de Savoie, soeur du roi de France, hésita longtemps avant de choisir son camp, mais son beau-frère, Jacques de Romont, baron de Vaud, était un fidèle de Charles, qui lui avait confié d'importantes fonctions aux Pays-Bas, au début de 1474. Jacques de Savoie avait alors placé le Pays de Vaud sous la sauvegarde de Berne.
Le Pays de Vaud était stratégiquement important ; les Confédérés voulurent stopper le transit des troupes italiennes qui traversaient les Alpes pour rejoindre l'armée de Charles. Ils s'attaquèrent d'abord aux possessions d'une famille bourguignonne vassale de la Savoie, les Chalon-Orange et s'emparèrent de Grandson, d'Orbe, de Montagny et d'Echallens en avril 1475. A l'est, les troupes bernoises mirent la main sur Aigle et sur une partie du Chablais.
Une nouvelle conquête du Pays de Vaud
En octobre 1475, les Confédérés déclarèrent la guerre à Jacques de Savoie, massacrèrent les garnisons des Clées et de La Sarraz qui avaient résisté, et occupèrent les autres bourgs vaudois qui capitulèrent avant d'avoir été attaqués. Au début de 1475, Jacques de Savoie réussit à reprendre le Pays de Vaud aux occupants.
Mais les défaites décisives de Charles le Téméraire à Grandson (février 1476) et Morat (juin 1476) entraînèrent une nouvelle conquête du Pays de Vaud. Le pays tout entier fut dévasté et les vainqueurs le rançonnèrent lourdement. La duchesse de Savoie s'était rapprochée du Téméraire, décision lourde de conséquences. Les Bernois toutefois ne purent obtenir ce qu'ils demandaient, - l'entier du Pays de Vaud, le Chablais et Genève -, leurs Confédérés ne désirant pas voir grandir la puissance bernoise et Louis XI protégeant les intérêts de son neveu le duc de Savoie. La duchesse Yolande récupéra contre une forte rançon le Pays de Vaud. Berne conserva une partie de ses conquêtes, les mandements d'Aigle, d'Ollon, de Bex et des Ormonts. Avec Fribourg, elle garda Orbe, Echallens, Montagny-sur-Yverdon, Grandson et Morat qui devinrent des bailliages communs des deux cantons suisses.
Ainsi donc, les guerres de Bourgogne, qui marquèrent pour les Cantons suisses l'apogée de leur gloire militaire et le début d'une politique européenne, furent pour les ducs de Savoie un coup fatal porté à leurs possessions au nord du Léman et pour les habitants du Pays de Vaud synonymes de désolation et de ruines. Bien plus, elles furent pour les Bernois et les Fribourgeois l'occasion de s'implanter au cœur du pays.
Le canton de Vaud, le plus grand et le plus peuplé (plus de 640'000 habitants en 2000) de la Suisse francophone, est entré officiellement dans la Confédération suisse en 1803. Son histoire est cependant beaucoup plus longue. Les plus anciens vestiges de présence humaine remontent à la fin de la dernière glaciation (env. 13'500 av. J.-C.).
Le territoire fera partie de l'empire romain, sera intégré dans divers royaumes germaniques (Burgonde, Francs) et sera rattaché en 1032 au Saint-Empire, à la mort du dernier souverain de la dynastie rodolphienne. La maison de Savoie prend pied dans le pays au début du XIIIe siècle et le comte Pierre lui donne sa première administration moderne, entreprise poursuivie par la Ville et République de Berne lorsqu'elle le conquiert en 1536, imposant en parallèle la Réforme.
Le Pays de Vaud fait dès lors partie de la Confédération, mais comme pays sujet et non comme canton souverain. Il proclame son indépendance en 1798 et sa souveraineté lui est accordée en 1803. Son système politique se démocratise par étapes aux XIXe et XXe siècles. Longtemps marqué par un fort sentiment identitaire, le canton, à l'aube du XXIe siècle, se remet en question dans une Suisse elle-même en mutation.